明正德九年(1514年),甲戌进士,授薛蕙刑部主事。
正德十四年(1519年)六月,宁王朱宸濠叛乱,史称宸濠之乱。虽然佥都御史王守仁在七月底即平定叛乱,武宗仍然隐瞒战功,而自封“镇国公”以平乱为由,同年,八月开始南巡。薛蕙因谏武宗皇帝南巡,受廷杖夺俸,引疾归里。同年,薛蕙将牡丹从洛阳、许州引种至亳州。
正德十五年(1520年)薛蕙再次被起用,任吏部考功司郎中。
嘉靖二年(1523年),朝中发生“大礼”之争,薛蕙撰写《为人后解》《为人后辨》等万言书上奏,反对皇上以生父为皇考,招致皇帝大怒,被捕押于镇抚司后赦出。
嘉靖十八年(1539年)薛蕙担任春坊司直兼翰林检讨司,不久病死家中,享年五十。
过鲁山禅师故院世传师讲经雨花因题斯句。明代。薛蕙。 昔闻鲁山子,此地讲经年。长者开精舍,门徒聚法筵。上方回锡杖,高坐发香烟。指点杨枝拂,翻披贝叶编。辩才超正觉,慧照破冥筌。解脱周尘界,光明彻大千。山川震十地,龙象见诸天。梵乐流云下,灵花蔽日悬。我生惟率尔,彼岸转茫然。学道惭馀齿,寻师负宿缘。绳床无虎卧,画壁有虫穿。隙网垂银树,阴苔缀石莲。神灯风已灭,仙镜月空圆。随喜乖三会,含悽向四禅。真乘仍自蔽,疑义竟谁诠。稽首西来意,非公那复传。
功德寺。明代。薛蕙。 忆昨宣皇帝,西方结胜缘。庄严修佛土,功德施人天。龙象山开辟,金银地接连。伤心万岁后,陵谷尚依然。
郊居作。明代。薛蕙。 池御鲜珍鳞,樊笼多铩翮。物情忌窘束,人事伤纷迫。拙薄谬荣涂,疏慵谢朝籍。销声背喧竞,息影投幽隙。丘园虽寂寞,悠然殊自适。徘徊弄文史,流连眷泉石。神轻片云上,目莹清川激。蓬峤宛相闻,沧洲如在觌。未申隐沦志,稍习湛冥迹。外慕非所希,聊用终晨夕。